31.07.2003 tarihinde çıkartılan 4970 sayılı yasa ile 3152 sayılı İçişleri Bakanlığı Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun’da yapılan düzenleme ile İçişleri Bakanlığı’nda Dernekler Dairesi Başkanlığı’nın yeri ve görevleri belirlenmiştir.

Dernekler Dairesi Başkanlığı ve taşra teşkilatının kuruluş ve görevleri ile ilgili olarak hazırlanan Yönetmelik Resmi Gazete’nin 15.10.2002 tarih ve 24907 sayılı nüshasında, değişiklikler ise 04.09.2003 tarih ve 25219 sayılı nüshasında yayımlanarak yürürlüğe girmiştir.

Derneklere ilişkin bilgi, belge ve dokümanların Emniyet Genel Müdürlüğü’nden devralınmasıyla Dernekler Dairesi Başkanlığı’nın merkez teşkilatı 9 Ekim 2003 tarihi itibarıyla faaliyete geçirilmiş olup, derneklerle ilgili iş ve işlemler yürütülmeye başlanmıştır. Dernekler Dairesi Başkanlığı’nın taşra teşkilatları da bu tarihten sonra hızla oluşturularak dernekler ile ilgili iş ve işlemler taşra güvenlik birimlerinden devralınmıştır.

Diğer taraftan, 04.11.2004 tarihinde kabul edilen 5253 sayılı Dernekler Kanunu’nun 38. Maddesi ile 3152 sayılı İçişleri Bakanlığı Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun'da ve 2860 sayılı Yardım Toplama Kanunu’nda yapılan değişiklikle yardım toplama faaliyetleri ile ilgili iş ve işlemleri yürütme görevi Dernekler Dairesi Başkanlığı ve taşra dernekler birimlerine verilmiştir.

Sendikaların kuruluş ve diğer bildirimlerine ait iş ve işlemler, Emniyet Genel Müdürlüğü ve İl Emniyet Müdürlükleri tarafından yürütülmekteyken, İçişleri Bakanlığının 10.10.2013 tarihli ve 2013/47 sayılı Genelgesi ile Dernekler Dairesi Başkanlığı merkez ve taşra birimlerince yürütülmeye başlanmıştır.

Siyasi partilerin kuruluş ve bildirimlerine ilişkin iş ve işlemler, Emniyet Genel Müdürlüğü ve İl Emniyet Müdürlükleri tarafından yürütülmekteyken 03/01/2014 tarihli ve 2014/1 sayılı İçişleri Bakanlığı Genelgesi ile Dernekler Dairesi Başkanlığı’nın merkez ve taşra birimlerince yürütülmeye başlanmıştır.

Dernekler Dairesi Başkanlığı, 13.09.2018 tarih ve 30534 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 17 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile Sivil Toplumla İlişkiler Genel Müdürlüğü’ne dönüştürülmüştür. Söz konusu düzenleme 10/07/2018 tarihli ve 30474 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan 1 sayılı Cumhurbaşkanlığı Teşkilatı Hakkında Cumhurbaşkanlığı Kararnamesinin 256’ncı maddesine işlenmiştir.